针灸师证书的颁发和有效性主要由以下几个部门负责：

1、国家卫生健康委员会(简称国家卫健委):作为中国政府部门中主管医疗健康事务的机构，国家卫健委对于针灸师证书的颁发和管理具有重要地位，根据《中华人民共和国医师法》和《中华人民共和国护士法》，从事中医诊疗活动的人员需要取得相应的执业资格证书，而针灸师作为一种特殊的中医诊疗技术，也需要通过国家卫健委的认证才能合法从事相关工作。

2、中医药管理部门：在中国，中医药管理部门主要负责中医药事业的管理和发展，针灸师证书的颁发和管理也是其职责之一，各级中医药管理部门会定期组织针灸师资格考试，对合格的考生颁发针灸师证书，中医药管理部门还会对针灸师进行资格审核和培训管理，确保针灸师具备一定的专业水平和技能。

3、人力资源社会保障部：人力资源社会保障部是中国政府负责职业资格证书管理的部门之一，针灸师证书作为职业资格证书，其颁发和管理也受到人力资源社会保障部的监督和指导，各级人力资源社会保障部门会负责组织实施针灸师资格考试，对合格的考生颁发针灸师证书，并对证书持有人进行职业资格审核和管理。

4、行业协会和专业组织：在中国，有一些专门从事中医针灸行业的协会和专业组织，如中国针灸学会、中国中医科学院针灸研究所等，这些协会和专业组织在针灸师证书的颁发和管理方面也发挥着重要作用，它们会组织专家对考生进行评审，确保针灸师具备一定的专业知识和技能，这些协会和专业组织还会为针灸师提供培训、交流和学术研究等方面的支持和服务。

5、用人单位和培训机构：在实际工作中，用人单位和培训机构也是针灸师证书的有效性的重要保障，用人单位会在招聘过程中要求求职者提供针灸师证书，以确保应聘者具备相关的专业能力和资质，而培训机构则负责为学员提供专业的针灸师培训课程，帮助学员通过考试并获得针灸师证书，只有获得了用人单位和培训机构的认可，针灸师证书才具有真正的价值和意义。

针灸师证书的有效性主要由国家卫生健康委员会、中医药管理部门、人力资源社会保障部、行业协会和专业组织以及用人单位和培训机构等多方共同保障，只有经过这些部门的认证和管理，针灸师证书才能被认为是真实有效的，想要成为一名合格的针灸师，不仅需要通过严格的考试和培训，还需要获得相关部门和社会各方的认可和支持。