针灸师证书的发放机构主要有两种，一种是国家中医药管理局，另一种是中国中医科学院针灸研究所。

国家中医药管理局是中华人民共和国国务院直属事业单位，负责全国中医药行业的管理、监督和指导工作，国家中医药管理局设立了职业技能鉴定中心，负责全国范围内的职业技能鉴定工作，针灸师证书的发放就由这个中心来负责。

中国中医科学院针灸研究所是我国最早从事针灸科学研究和人才培养的单位之一，也是全国唯一的国家级针灸科研机构，该所设有针灸临床研究中心、针灸基础研究中心、针灸教育中心等多个研究部门，为我国针灸事业的发展做出了重要贡献，针灸师证书的发放也由该所负责。

除了这两个主要的发放机构外，还有一些地方性的中医药管理部门和针灸培训机构也会颁发针灸师证书，这些证书的含金量可能相对较低，因为它们没有得到国家中医药管理局和中国中医科学院针灸研究所的认可。

想要获得权威的针灸师证书，最好的选择就是到国家中医药管理局或中国中医科学院针灸研究所进行培训和考试，这样不仅可以保证证书的合法性和权威性，还可以获得更多的专业知识和技能提升机会。