中医针灸师证的发证机关是指负责管理和颁发中医针灸师资格证书的政府部门或机构，在中国，中医针灸师证的发证机关主要分为两个部分：一是国家中医药管理局，二是各省、自治区、直辖市卫生健康委员会。

国家中医药管理局是中华人民共和国国务院直属事业单位，负责全国中医药事业的管理和监督，其主要职责包括制定中医药发展规划、政策和标准，组织实施中医药法规和规章，指导、协调和服务中医药工作，以及对中医药行业进行审批和监管等，国家中医药管理局下设多个部门和司局，其中之一就是针灸管理部门，针灸管理部门的主要职责是负责中医药针灸领域的管理工作，包括中医针灸师资格的认证、考试、培训和继续教育等。

各省、自治区、直辖市卫生健康委员会则是地方各级政府的卫生行政部门，负责本行政区域内的卫生健康工作，其主要职责包括制定和实施本地区的卫生健康规划、政策和标准，监督管理本地区的医疗卫生机构和人员，以及对医疗卫生行业进行审批和监管等，各省、自治区、直辖市卫生健康委员会下设多个部门和处室，其中之一就是中医药管理部门，中医药管理部门的主要职责是负责本地区中医药事业的管理和发展工作，包括中医针灸师资格的认证、考试、培训和继续教育等。

在中医针灸师证的发证过程中，首先需要考生通过国家中医药管理局或各省、自治区、直辖市卫生健康委员会组织的中医针灸师资格考试，取得合格成绩，考试内容包括中医基础理论、经络腧穴学、针灸技术等方面的知识和技能，考试合格后，考生需要向所在单位提出申请，由单位审核并报送相关发证机关备案，发证机关根据备案情况为考生颁发中医针灸师资格证书。

中医针灸师证的发证机关主要是国家中医药管理局和各省、自治区、直辖市卫生健康委员会，这两个部门在中医针灸师证的管理和发放方面发挥着重要作用，确保了中医针灸师的专业素质和技能水平，这也有利于推动中医药事业的发展，提高人民群众的健康水平。