中医针灸师证办理机构主要包括以下几类：

1、中医药管理部门：各级中医药管理部门负责中医针灸师的培训、考核和证书发放工作，这些部门通常设有专门的中医药考试中心，负责组织中医针灸师的考试和认证工作，在这些部门办理的中医针灸师证具有较高的权威性和认可度。

2、中医药院校：中医药院校是培养中医针灸师的主要基地，在这些院校学习相关专业课程并完成学业的学生，可以参加由学校组织的中医针灸师资格考试，通过考试的学生，学校会颁发相应的中医针灸师证书，这种方式办理的中医针灸师证，学术性和专业性较强。

3、培训机构：为了满足社会对中医针灸师的需求，一些培训机构也会提供中医针灸师培训课程，学员在完成培训后，可以参加由培训机构组织的中医针灸师资格考试，通过考试的学生，培训机构会颁发相应的中医针灸师证书，这种方式办理的中医针灸师证，注重实践操作能力的培养。

4、个人申请：具备一定条件的个人，也可以向中医药管理部门或中医药院校申请办理中医针灸师证，申请人需要提交相关材料，经过审核后方可参加考试，通过考试后，由相关部门颁发中医针灸师证书，这种方式办理的中医针灸师证，相对较为灵活，但可能缺乏一定的权威性和认可度。

至于费用方面，由于不同地区、不同单位的收费标准可能有所差异，因此无法给出一个具体的数字，中医针灸师证的办理费用包括培训费、考试费、证书费等，总体来说可能会在几百到几千元之间，建议您向具体的办理机构咨询详细的费用情况。

需要注意的是，虽然市面上存在各种各样的中医针灸师证办理机构，但并不是所有的机构都能保证证书的真实性和有效性，在办理中医针灸师证时，一定要选择有资质、信誉良好的正规机构，以免上当受骗，办理中医针灸师证只是成为一名合格中医针灸师的第一步，后续还需要不断学习和实践，提高自己的业务水平和综合素质。